狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组测定及结构特征分析          下载免费PDF全文

马颜雯  李继姬  叶莹莹 《海洋与湖沼》2023,54(1):246-258

为解析狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组结构特征以及进化地位,采用二代高通量测序技术获得狄氏斧蛤线粒体基因组全序列,对线粒体基因进行注释并对其序列结构进行分析。结果表明,狄氏斧蛤的线粒体全基因组序列全长为16 908 bp,碱基组成为A (26.81%)、T (41.13%)、G(21.21%)和C (10.85%),A+T含量为67.94%,表现出明显的AT偏向。与其他双壳贝类相似,狄氏斧蛤共编码13个蛋白质编码基因,包含22个t RNA和2个r RNA,且所有基因均位于H链;蛋白质编码基因拥有3种起始密码子(ATG、ATT、ATA),而除了ND3、ND4以及ATP6使用TAG作为终止密码子外,其余所有蛋白质编码基因都使用TAA作为终止密码子。除t RNASer不能折叠成典型的三叶草结构,没有明显的DHU茎环,其余t RNA都能折叠成典型的三叶草结构。狄氏斧蛤与斧蛤科(Donacidae)其他物种具有相同的基因排列,未发现基因重排现象。基于线粒体12个蛋白质编码基因构建62种贝类的进化树,结果显示:Donax semiestriatus和Donax vittatus聚...  相似文献   

基于基因组survey的横带髭鲷(Hapalogenys analis)微卫星位点筛选与特征分析     

刘焘  陈冰洁  史会来  平洪领  张涛  瞿印权  高天翔 《海洋与湖沼》2023,3(3):848-855

探究横带髭鲷(Hapalogenysanalis)的种质资源情况以及群体的遗传多样性和遗传结构,对于其增养殖实践尤为重要。微卫星分子标记在研究物种种质情况及遗传信息方面有很大优势。采用基因组survey测序方法开发横带髭鲷微卫星位点,结果表明,横带髭鲷基因组大小为543Mb;微卫星位点丰富,共检测到280 378个完美型微卫星位点,相对丰度为415.17个/Mb。二核苷酸重复是最丰富的微卫星类型(56.05%),其次为单核苷酸(29.20%)、三核苷酸(10.28%)、四核苷酸(2.99%)、五核苷酸(1.03%)、六核苷酸(0.45%)重复,短序列重复类型占95.53%。重复单元中A/T, TG/CA为优势重复单元,分别占总微卫星位点数的22.37%和21.98%;10次重复和6次重复的微卫星位点数量最多,占横带髭鲷基因组微卫星总数的14.60%和12.46%。利用筛选出的20对多态性微卫星位点扩增一个供试群体进行群体遗传学检测。结果表明,各位点等位基因数从5到13不等,均值为8.75个;平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.808和0.863;多态信息含量(PIC)均...  相似文献   

基因组编辑技术及其在微藻中的应用     

林根妹  杨官品 《海洋科学》2016,40(4):149-155

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热液和冷泉10种无脊椎动物基因组大小测定及比较     

郑平  王敏晓  李超伦  孙松 《海洋学报》2016,38(6):41-50

基因组大小(或称C值)作为生物单倍体细胞中全套染色体的DNA总量,在一定程度上是恒定的,因而C值可以作为生物物种的一个特定参数。深海热液和冷泉为更好地理解C值与不同环境之间的关系提供了一个特征性的模型。本文采用流式细胞术,测定了来自热液和冷泉环境中的10种深海无脊椎动物的C值,其分布范围从0.87 pg到12.28 pg,其中,相比于软体动物和多毛类,甲壳生物基因组大小及变异均较大。对比热液和冷泉两个群落中共有种(深海偏顶蛤Bathymodiolus platifrons、柯氏潜铠虾Shinkaia crosnieri以及长角阿尔文虾Alvinocaris longirostris)的基因组大小,发现C值差异并不显著。同时,综合已有的数据,对深海化能极端环境与其他环境条件下的物种C值进行对比分析,结果显示深海化能极端环境下生物的基因组大小并没有发现明确的变化趋势。  相似文献   

应用流式细胞术测定中国四种经济蟹类的基因组大小     

刘磊  崔朝霞  宋呈文  刘媛  惠敏  王春琳 《海洋学报(英文版)》2016,35(6):7-11

The genome size(C-value) of an organism is referring to the DNA content of its non-replicated haploid chromosome complement,generally deduced from measuring somatic diploid nuclei.We presented genome size(C-value) data obtained by flow cytometry for four commercially important crabs(Portunus trituberculatus,Charybdis japonica,Scylla paramamosain,and Eriocheir sinensis) common in the coast of China.Gallus domesticus(2C=2.5 pg) was used as the internal standard.The results showed that the C-value for P.trituberculatus,C.japonica,S.paramamosain,and E.sinensis were(2.31±0.01) pg,(2.33±0.03) pg,(1.64±0.02) pg,and(2.29±0.03) pg,respectively.The C-value of P.trituberculatus,C.japonica and S.paramamosain were reported for the first time.The data represented by the four species indicated that they had lower DNA contents than average DNA values in crustaceans((4.99±0.48) pg),and three of the four values were very similar if not identical.The results provide useful data for future studies in the fields of biodiversity,species conservation,and phylogeny of these commercial crabs.They will also be helpful in instructing the hybridization breeding program and estimating the cost of the whole genome sequencing project.  相似文献   

趋磁细菌基因组和磁小体成链机制研究进展     

王小柯  池振明  吴龙飞 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2007,37(1):38-46

趋磁细菌能够形成纳米级的磁小体,磁小体排列成链作为生物磁针使细菌沿氧化还原梯度在地磁线上移动。磁小体独特的晶体和磁性特征使其在生物技术、医药和地质生物学应用等领域有巨大的潜力,磁小体的细胞生物学特征也使其成为原核生物细胞器研究的理想模型。本文介绍了近年来在趋磁细菌基因组和磁小体链形成机制方面的研究进展。  相似文献   

牙鲆、石鲽和川鲽的线粒体16S rRNA基因片段的序列比较研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

孔晓瑜  刘亚军  喻子牛  庄志猛  武云飞 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2001,31(5):713-722

以相应引物对牙鲆(Paralichthysolivaceus)和石鲽(K.areiusbicoloratus)的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序,均得到了590bp的碱基序列,并将其与GenBank中牙鲆线粒体全序列相应片段和川鲽(Platichthysflesus)相应片段进行比较,结果表明,川鲽和石鲽序列差异很小(核苷酸差异数为7,同源性为98.8%);而牙鲆与川鲽和石鲽的序列差异明显(核苷酸差异数为90～93,同源性约为84%),且大多数核苷酸变异位点集中在序列中部大约200bp的区域.  相似文献   

Genome Sequence of a Marine Carotenoid Producing Yeast Rhodotorula mucilaginosa CYJ03     

TANG Wei  WANG Yue  CAI Yali  LIU Shibo  ZHANG Jun  HE Zengguo 《中国海洋大学学报(英文版)》2020,19(2):466-472

Carotenoids are valuable pigments that have been widely used in food,pharmaceutical,animal breeding and cosmetics industries.Due to the increasing demand for carotenoids of natural origin,the trend for production of carotenoids by red yeast has become popular.Strain Rhodotorula mucilaginosa CYJ03 was isolated from northern Yellow Sea of China for its carotenoid producing potential.It was found that the whole genome of CYJ03 was 19.03 Mb in size and contained 6301 protein-coding genes including a gene cluster for the carotenoids biosynthesis.The genome sequence would be valuable for exploring the potential biological properties of CYJ03,as well as for facilitating the molecular genetic analysis and the manipulation of carotenoids accumulation in this strain,and for the development of it as an engineered host for carotenoid production.  相似文献   

辽河口沉积物中古菌和细菌群落结构分析   总被引：5，自引：1，他引：4  

张慧珍  常永凯  陈泉睿  明红霞  苏洁  石岩  殷旭旺  樊景凤 《海洋学报》2018,40(6):113-130

本研究旨在了解辽河口表层沉积物中古菌和细菌的群落结构组成、多样性及其与环境因子之间的相关性。采用构建古菌和细菌16S rRNA基因文库的方法，应用Illumina Miseq测序技术进行序列分析。结果表明:辽河口表层沉积物中细菌多样性高于古菌多样性，近岸细菌和古菌多样性高于远岸，即河相区（0.8~7.04）细菌多样性高于混合区（13.1~20.7）和海相区（24.2~31.5）；主要古菌群落为奇古菌门（Thaumarchaeota，72.73%）和广古菌门（Euryarchaeota，25.05%），其中泉古菌门（Crenarchaeota，0.001%）只在河相区站位被发现；细菌群落组成中变形菌门（Proteobacteria，61.94%）为该河口的优势菌群，其次为拟杆菌门（Bacteroidetes，11.21%）和酸杆菌门（Acidobacteria，5.59%），其他门类如蓝藻门（Cyanobacteria，3.03%）等比例较小。与环境因子的冗余度分析表明:影响表层沉积物中古菌群落分布的主要环境因子依次为氨盐、泥、酸碱度、盐度、电导率和砂，而细菌群落的分布主要受到溶氧、泥、砂、黏土和总磷的影响。由此可见，不同环境条件下微生物的群落结构存在空间异质性，不同微生物对同一环境条件的响应亦不同。  相似文献   

南海三沙永乐龙洞古菌群落结构与多样性特征     

甄毓  贺惠  傅亮  刘乾  毕乃双  杨作升 《海洋与湖沼》2018,49(6):1259-1267

海洋蓝洞作为一种独特的海洋地貌单元,洞内的生物群落结构与生态系统特征一直是国内外同行学者关注的热点问题之一。南海三沙永乐龙洞是世界上最深的海洋蓝洞(300m),其独特的生态特征更为引入瞩目。本研究以古菌16S rRNA基因序列为目标,采用Illumina高通量测序技术对西沙永乐龙洞内水体与沉积物中的古菌群落结构进行了研究。结果表明,本研究所获得的古菌类群可归为4门、21纲、29目、42科、45属,广古菌和奇古菌是丰度最高的两种古菌。龙洞内表层水体中古菌群落多样性与洞外水体相差不大,但随深度增加,洞内古菌群落多样性显著降低,深水层古菌群落结构与浅水层差异显著。龙洞内沉积物中的古菌生存环境与水体差异巨大,为大量特殊物种提供了生存空间。侧壁沉积物中的古菌群落多样性随深度增加显著降低,而150m平台处古菌群落多样性则远高于侧壁沉积物。水温对龙洞内水体中的古菌群落结构具有显著影响(P0.01)。研究结果显示永乐龙洞古菌群落有很高的多样性,其垂向分布与洞内环境多要素的变化密切相关。本研究对认识三沙永乐龙洞内的生态系统特征有显著意义。  相似文献